Pada tanggal 7 November 2008 Dirjen Dikti telah mengeluarkan izin dengan SK No. 3914/D/T/2008 untuk Fakultas Kedokteran USU menyelenggarakan Pendidikan Program Studi Magister Kedokteran Klinik (S2). Terbitnya surat izin tersebut merupakanpPrakarsa dan upaya bersama Prof. dr. Chairuddin P. Lubis, DTM&H, SpA(K) dan Prof. Dr. dr. Syahril Pasaribu, DTM&H, M.Sc (CTM), Sp.A(K), dan Prof. Dr. Gontar Alamsyah Siregar, SpPD-KGEH.

Dengan demikian maka USU merupakan Universitas pertama di Indonesia yang diberi izin untuk menyelenggarakan Program Pendidikan Magister (S2) yang pelaksanaannya dilakukan bersamaan dengan pelaksanaan Program Pendidikan Dokter Spesialis. Nantinya lulusan akan mendapat gelar akademik (Magister) baru kemudian mendapatkan gelar profesi (Dokter Spesialis). Dengan keluarnya SK tersebut maka kuliah ilmu dasar yang pada awalnya dititipkan pada program Magister Bio Medik dialihkan pengelolaannya oleh Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.

Mengacu kepada SK Rektor USU No. 17015/H5.1.R/SK/SPB/2009 tertanggal 1 September 2009 bahwa untuk program studi yang mono disiplin pengelolaannya dikembalikan ke Fakultas masing-masing, sedangkan untuk Program Studi yang multi disiplin tetap dikelola oleh SPS USU. Dengan demikian pada tahun 2009 Program Studi S3 Ilmu Kedokteran, Program Studi Magister Biomedik, Program Studi Magister Ilmu Kedokteran Tropis dan Program Studi Magister Kedokteran Klinis langsung dikelola dibawah Fakultas Kedokteran USU.

Pada saat ini Fakultas Kedokteran USU (Tim Koordinasi Pelaksana Program Pendidikan Dokter Spesialis/Magister Kedokteran Klinis telah mengelola 17 (tujuh belas) Program Studi Pendidikan Dokter Spesialis yang dilaksanakan bersamaan dengan Program Magister Kedokteran Klinik/Magister Kedokteran Bedah dengan 17 konsentrasi.Nantinya lulusan akan mendapat gelar akademik (Magister) baru kemudian mendapatkan gelar profesi (Dokter Spesialis).

Rasionalisasi:

1. Menyadari perlunya muatan akademik yang terstruktur dalam pelaksanaanProgram Pendidikan Dokter Spesialis yang dilaksanakan bersamaan denganProgramPendidikan Magister
2. Beberapa sentra Pendidikan Dokter Spesialis telah memuat mata ajar Magisterpada pendidikan Dokter Spesialis.
3. Pada sentra Pendidikan Dokter Spesialis di negara tetangga dan negara majudimana program Magister telah dilaksanakan bersamaan dengan pelaksanaanProgramPendidikan Dokter Spesialis (pendidikan profesi).
4. Beberapa sentra pendidikan Dokter Spesialis di Indonesia telahmenyusun ProgramMagister untuk peserta Pendidikan Dokter Spesialis dan disusun secara terstrukturyang pelaksanaannya digabungkan dengan Program Pendidikan Magister BioMedik. Fakultas Kedokteran USU dengan mengacu kepada pendidikan di sentrasentradi luar negeri, maka lebih tepat bila Program Pendidikan Dokter Spesialisdilaksanakan bersamaan dengan ProgramMagister Kedokteran Klinik.
5. Pelaksanaan ProgramMagister Kedokteran Klinik dimungkinkan oleh karena :
   A. Komitmen yang tinggi dari seluruh staf pengajar untuk meningkatkan kemampuankeilmuan.
   B. Tersedianya tenaga pengajar yang berkualitas untukmengajar di USU.
   C. Banyaknya peminat untuk mengikuti ProgramPendidikan Dokter Spesialis dan Magister Kedokteran Klinik
   D. Tersedianya sarana dan prasarana yangmendukung terlaksananya program.
6. USUtelahmempunyai kerjasama dengan :
   a. Institusi Pendidikan baik pada tingkat nasionalmaupuninternasional
   b. Institusi Pemerintah dan
   c. Pihak Swasta
   F. Tersedianya dana untuk melaksanakan programtersebut.

Awal Magister Kedokteran Klinis dipimpin oleh Prof. dr. Chairuddin P. Lubis, DTM&H,SpA(K) sebagai ketua program studi dan dr. Murniati Manik, M.Sc, Sp.KK, Sp.GK sebagai sekretaris program studi. Bagi peserta yang telah lulus seleksi penerimaan Program Pendidikan Dokter Spesialis, pendidikan dimulai dengan Program Magister semester I yang pengelolaannya dilaksanakan di tingkat Fakultas, sedangkan pada semester II, III dan IV pendidikan dilanjutkan di Departemen bersamaan dengan pelaksanaan Program Pendidikan Dokter Spesialis.Didalam Program Pendidikan Magister yang terstruktur, pemberi kuliah harus memenuhi persyaratan yang ditetapkan oleh DIKTI. Jadwal perkuliahan, lama masa studi dan beban SKS haruslah ditetapkan denganmengacu pada kurikulum pendidikan magister.